Изначально его подозревали лишь в злоупотреблении должностными полномочиями. Евгений Кустос, по версии следствия, будучи мэром города в 2005-2006 годах, вопреки интересам службы дал указания о внесении изменений в устав одного из муниципальных предприятий (издательского центра «Усолье» по исключению некоторых видов деятельности. До этого предприятие приносило в бюджет города не менее 5% от своей годовой прибыли. В результате внесенных в устав изменений оно стало нерентабельным, и было реорганизовано в общество с ограниченной ответственностью. При этом основным учредителем ООО стала родственница мэра.
Затем к этому уголовному делу добавилось еще одно — по подозрению в вымогательстве.
Таким образом, сейчас Евгений Кустос подозревается в совершении преступлений, предусмотренных ч. 4 ст. 33 УК РФ, ч. 3 ст. 30 УК РФ, ч. 2 ст. 105 УК РФ (подстрекательство в покушении на убийство), ч. 3 ст. 163 УК РФ (вымогательство), ч. 2, 3 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями).
По версии следствия, в 2002 году Кустос выступил заказчиком покушения на убийство генерального директора усольского предприятия ОАО «Молоко» Игоря Востренкова, который являлся основным соперником подозреваемого на выборах главы Усолья-Сибирского. Информация об этом поступила в правоохранительные органы, после чего в ходе следственно-оперативных мероприятий при попытке совершения данного преступления были задержаны исполнитель и организатор. В 2003 году они были судом приговорены к длительным срокам заключения. Заказчик на тот момент не был установлен.
Евгению Кустосу удалось победить на выборах мэра города, а затем, в 2009 году, когда в законодательство города были внесены изменения, он одержал победу в конкурсе на должность сити-менеджера Усолья-Сибирского.
Также у следствия имеются доказательства того, что в 2009 году Кустос, угрожая физической расправой, уничтожением имущества и созданием неблагоприятных условий для экономической деятельности одного из частных предприятий, требовал у генерального директора передать часть имущества, сообщили в управлении СК РФ по региону.
Евгений Кустос 7 февраля 2011 года подал заявление о своей отставке. В заявлении он указал, что в отношении него возбуждено уголовное дело, проводится расследование по событиям шестилетней давности. Не исключено, что среди свидетелей по данному делу могут оказаться лица, находящиеся в его непосредственном подчинении. В целях исключения толкования следственными органами воздействия с его стороны на указанных лиц и проведения объективной следственной проверки, он принял решение уйти с поста главы администрации.
