В настоящее время из аэропорта выполняется единственный рейс в Новосибирск. Однако для развития туризма в Горном Алтае, в частности — для привлечения туристов в особую экономическую зону "Алтайская долина", требуется организация новых рейсов.
По информации владельца аэропорта — компании "Сибмост" — авиаперевозчики сообщили о своей готовности проработать коммерческие предложения. Так, авиакомпания Dexter (ЗАО «Авиа Менеджмент Групп») рассматривает возможность открытия рейсов из аэропорта "Горно-Алтайск" по пяти направлениям: Сургут и Красноярск с частотой трижды в неделю, и в Новосибирск, Кемерово и Томск в ежедневном режиме. Перевозки будут осуществляться на 8-местных самолетах-авиатакси Pilatus PC-12.
В ноябре 2012 года авиакомпания «Томск Авиа» планирует начать выполнять полёты из аэропорта "Горно-Алтайск" в Новосибирск и Томск, на воздушных судах Cessna 208B Grand Caravan в 9-кресельной компоновке.
Авиакомпания "АК БАРС АЭРО" рассматривает возможность открытия рейсов из Горно-Алтайска в Казань и Санкт-Петербург, на канадских 50-местных самолётах CRJ 200 LR.
Транспортная компания ООО "Автовокзал" (Белокуриха) выступила с инициативой совместно с руководством аэропорта организовать трансферные перевозки пассажиров к санаториям города-курорта Белокурихи. Для удобства пассажиров график движения автобусов будет спланирован под расписание авиарейсов.
Администрация аэропорта заявила о подготовке стимулирующей программы, позволяющей предоставлять понижающий коэффициент к тарифам на аэропортовое обслуживание авиакомпаниям, открывающим на регулярной основе новые направления и увеличивающим частоту рейсов:
Представители правительства Республики Алтай сообщили о том, что региональными властями рассматривается возможность программ субсидирования затрат по организации авиаперевозок.
Аэропорт "Горно-Алтайск", практически не работающий с 1995 года, после глобальной реконструкции был открыт в ноябре 2011 года. Здесь была проведена работа по удлинению взлетно-посадочной полосы с 1300 до 2300 метров, по установке светосигнального и навигационного оборудования, произведен капитальный ремонт всего аэровокзального комплекса.
С ноября 2010 года компания "Сибмост" стала владельцем 100% акций ОАО "Аэропорт Горно-Алтайск" и вела модернизацию аэропорта. Реконструкция аэропортового комплекса и терминальной инфраструктуры велась в рамках реализации федеральной целевой программы "Развитие транспортной системы России" с 2007 года. Из федерального бюджета было перечислено более 1 миллиарда 100 миллионов рублей (общая стоимость проекта — 1,275 млрд рублей).
