Александр Макаров был арестован в декабре 2006 года в связи с возбуждением ряда уголовных дел и отстранен от должности. Рассмотрение дел ведется в суде с августа 2008 года. Александр Макаров провел в СИЗО 866 дней. Защита Макарова обжаловала в Европейском суде по правам человека законность и обоснованность его содержания под стражей. Суд в марте 2009 года принял сторону бывшего мэра Томска. Кроме того, как установило европейское правосудие, из-за размера и планировки камер более двух лет Макаров провел практически прикованным к постели в камере с плохой вентиляцией и освещением и недостаточным уединением с точки зрения санитарных условий.
20 апреля 2009 года бывший мэр Томска Александр Макаров отпущен на свободу под залог в размере 4 млн рублей. Решение об его освобождении принял Верховный суд РФ.
Также Европейский суд по правам человека принял решение о выплате Макарову компенсации морального вреда в размере 8 тысяч евро. Россия выплатила эту сумму, деньги были направлены на благотворительность (помощь больным детям).
Весной 2010 года Александр Макаров возглавил общественно-политическое объединение «Мой город», провозгласившее целью разрушить монополию «Единой России» в органах власти. «Мой город» планирует, в частности, повлиять на выборы в томскую Думу в октябре 2010 года.
14 апреля 2010 года в Томске суд удовлетворил ходатайство областной прокуратуры об изменении меры пресечения с залога на домашний арест в течение трех месяцев. Официальной причиной изменения меры пресечения называется то, что Макаров оказывает воздействие на суд и свидетелей через СМИ и интернет-ресурсы. Затем срок домашнего ареста был продлен еще на три месяца.
Летом 2010 года Александр Макаров неоднократно жаловался на то, что его состояние здоровья мешает ему принимать участие в судебных заседаниях. Экспертиза показала, что это не так. С другой стороны, Илья Макаров пытался защитить своего отца с помощью обращений к Президенту РФ и в Общественную палату РФ. Освещение этих событий в СМИ, по мнению суда и прокуратуры, может повлиять на общественное мнение и на решение присяжных.