Проверка проводилась совместно с МВД и УФСБ России по Республике Саха. Установлено, что Антоненко принудил подконтрольные организации, находящиеся от него в служебной зависимости, за счет собственных средств доставить дорогостоящий автомобиль и запчасти к нему из Москвы для своего личного пользования на общую сумму более 400 тысяч рублей.
После возбуждения этого дела Антоненко был освобожден от занимаемой должности министра по указу президента республики.
В июне 2011 года в отношении Антоненко было возбуждено первое уголовное дело — по той же статье. Как полагают следственные органы, в 2007 году глава предприятия «Водоканал» по указанию руководства министерства купил за счет предприятия внедорожники Toyota Land Cruiser 100 и Volkswagen Touareg. Кроме того, был арендован автомобиль Toyota Land Cruiser Prado. Следствие полагает, что министр издал приказ, обязующий руководителя «Водоканала» приобрести машины. Дорогие иномарки были переданы в пользование министерства ЖКХ. Соответственно, автомобили использовались чиновниками для служебных и личных нужд до настоящего времени. При этом расходы на покупку и содержание авто (включая зарплату водителей) компенсировались «Водоканалом» за счет тарифа на водоснабжение и водоотведение для жителей Якутска. Нарушения в действиях Александра Антоненко привели к ущербу в размере более, чем 9,4 миллиона рублей.
