В декабре 2009 года следствие установило его причастность к злоупотреблению должностными полномочиями. Оба дела были соединены в одно производство.
Колганов был отрешен от должности в августе 2010 года решением губернатора Алтайского края. После этого в Барнауле были внесены изменения в Устав города, предполагающие отмену прямых выборов мэра. Главу города и главу администрации города теперь выбирают депутаты: первого — из своих рядов (председателя Думы Барнаула), второго — назначают на конкурсной основе по контракту.
В январе 2011 года Колганову предъявили обвинение в совершении преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий, совершенное главой органа местного самоуправления). По данным следствия, в 2005 году Колганов, действуя в интересах ряда предпринимателей, организовал преступную схему передачи муниципального имущества в доверительное управление частным компаниям. Эти компании по завышенным ставкам сдавали объекты недвижимости в аренду, а также реализовывали их в рамках прогнозного плана приватизации, удерживая из стоимости проданного имущества значительные суммы в качестве вознаграждения.
Сумма причиненного ущерба Барнаулу составила 187 миллионов рублей, сообщали в краевом управлении СК РФ еще в марте 2011 года.
Теперь, по информации управления, согласно ч. 2 ст. 15 УК РФ инкриминируемое Колганову преступление относится к категории небольшой тяжести. В соответствии с требованиями п. «а» ч. 1 ст. 78 УК РФ (лицо освобождается от уголовной ответственности, если со дня совершения преступления истекло два года после совершения преступления небольшой тяжести) срок давности привлечения к уголовной ответственности за его совершение истек, пояснили в управлении.
