С 2005 года в РФПЛ входил томский футбольный клуб «Томь», однако в играх этого сезона ему не удалось набрать необходимого количество очков. Пока «Томь» еще не убрана из футбол топа на сайтах для любителей этого вида спорта, однако вскоре ей придется играть в Первом дивизионе. В течение нескольких последних лет томский клуб испытывал серьезные проблемы с финансированием; кроме того были заведены несколько уголовных дел, связанных с хищением денежных средств клуба.
Российская футбольная премьер-лига была сформирована в конце 2001 года из шестнадцати клубов, которые получили право выступать в 2002 году в чемпионате России. После этого каждый год команды, занявшие в чемпионате последние 2 места исключались из партнёрства, а команды, занявшие 2 первых места в Первом дивизионе, становились членами.
Основателями РФПЛ являются шесть футбольных клубов и они никогда не прекращали в ней членство: это «Динамо», «Зенит», «Крылья Советов», «Локомотив», «Спартак» и ЦСКА. Всего за годы существования РФПЛ её членами становились 29 клубов.
Помимо «Томи», из сибирских клубов в РФПЛ в 2010 году попадала новосибирская «Сибирь».
