Булакина подозревали в совершении преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями). По данным мэрии, следствие основывалось на том, что Булакин незаконно включил себя, своих заместителей, а также ряд иных должностных лиц в перечень должностных лиц, отвечающих за защиту государственной тайны в органах местного самоуправления муниципального образования, и, соответственно, установил надбавки к должностному окладу. Верховный суд РФ признал это решение законным.
После этого было принято решение о прекращении уголовного дела за отсутствием в действиях мэра состава преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 285 УК РФ (злоупотребление должностными полномочиями). Также следствие не нашло в действиях Булакина составов преступлений, предусмотренных ст. 286 УК РФ (превышение должностных полномочий) и ст. 293 УК РФ (халатность). В ходе следствия были выявлены нарушения, которые не влекут уголовной ответственности. Часть этих нарушений в ходе расследования уголовного дела была устранена администрацией города, сообщали в управлении СК РФ по республике.
Однако Следственным комитетом РФ постановление следственного управления СК РФ по РХ о прекращении уголовного дела в отношении Булакина было отменено 31 августа 2012 года. 10 сентября 2012 года уголовное дело поступило в СУСК РФ по РХ для дельнейшего расследования.
Николай Булакин избирался мэром Абакана в мае 1995, апреле 1999, марте 2004 и марте 2008 годов. Также был депутатом Верховного Совета Республики Хакасия 21 созыва. Общественность выступала против уголовного преследования Булакина, а сам мэр считал дело политическим.
